WaDI
stable
Getting started
Installation
Requirements
WaDI workflow and concepts
Minimal working example
User guide
Example 1: Import stacked data
Step 1: Initialize the DataObject class
Step 2: Read the data
Step 3: Map the names
Step 4: Harmonize the data
Example 2: Using blocks to import messy data
Step 1: Initialize the WaDI DataObject class
Step 2: Read the data
Step 3: Map the names and units
Step 4: Harmonize the data
Creating mapping dictionaries
Using the default dictionary
Querying PubChem for CIDs
Querying PubChem for CAS numbers
Creating a translation dictionary
Creating HGC compatible DataFrames
Developer guide
API reference
WaDI
Index
Edit on GitHub
Index
_
|
C
|
D
|
F
|
G
|
H
|
I
|
L
|
M
|
P
|
Q
|
R
|
S
|
T
|
U
|
V
|
W
_
__call__() (wadi.filereader.FileReader method)
(wadi.harmonizer.Harmonizer method)
(wadi.mapper.Mapper method)
__init__() (wadi.base.WadiBaseClass method)
(wadi.dataobject.DataObject method)
(wadi.harmonizer.Harmonizer method)
(wadi.infotable.InfoTable method)
(wadi.mapper.Mapper method)
(wadi.unitconverter.UnitConverter method)
(wadi.unitconverter.UnitRegexMapper method)
(wadi.utils.StringList method)
_convert_values() (wadi.harmonizer.Harmonizer method)
_create_hgc_units_dict() (wadi.mapper.MapperDict class method)
_df2excel() (wadi.mapper.Mapper method)
_dict2RE() (wadi.unitconverter.UnitRegexMapper static method)
_execute() (wadi.base.WadiBaseClass method)
(wadi.dataobject.DataObject method)
(wadi.filereader.FileReader method)
(wadi.harmonizer.Harmonizer method)
(wadi.mapper.Mapper method)
_get_mw() (wadi.unitconverter.UnitConverter method)
_log() (wadi.base.WadiBaseClass method)
_match_exact() (wadi.mapper.Mapper method)
_match_fuzzy() (wadi.mapper.Mapper method)
_match_pubchem() (wadi.mapper.Mapper method)
_match_regex() (wadi.mapper.Mapper method)
_msg() (wadi.base.WadiBaseClass method)
_read_file() (wadi.filereader.FileReader method)
_read_single_row_as_list() (wadi.filereader.FileReader method)
_remove_log_file() (wadi.base.WadiBaseClass method)
_str2pint() (wadi.unitconverter.UnitConverter method)
_wadi_style_warning() (in module wadi.utils)
_warn() (wadi.base.WadiBaseClass method)
C
check_arg() (in module wadi.utils)
check_arg_list() (in module wadi.utils)
check_if_nested_list() (in module wadi.utils)
D
DataObject (class in wadi.dataobject)
default_dict() (wadi.mapper.MapperDict class method)
dict2str() (in module wadi.unitconverter)
F
FileReader (class in wadi.filereader)
from_file() (wadi.mapper.MapperDict class method)
fuzzy_min_score() (in module wadi.utils)
G
get_converted_dataframe() (wadi.dataobject.DataObject method)
get_imported_dataframe() (wadi.dataobject.DataObject method)
get_imported_names() (wadi.dataobject.DataObject method)
get_pubchem_json() (in module wadi.api_utils)
get_pubchem_molecular_weight() (in module wadi.api_utils)
get_pubchem_properties() (in module wadi.api_utils)
get_uc() (wadi.unitconverter.UnitConverter method)
H
Harmonizer (class in wadi.harmonizer)
I
InfoTable (class in wadi.infotable)
L
list_dict1_item() (wadi.infotable.InfoTable method)
list_keys() (wadi.infotable.InfoTable method)
M
Mapper (class in wadi.mapper)
MapperDict (class in wadi.mapper)
match() (wadi.mapper.Mapper method)
module
wadi
wadi.api_utils
wadi.base
wadi.dataobject
wadi.filereader
wadi.harmonizer
wadi.infotable
wadi.mapper
wadi.unitconverter
wadi.utils
P
parse_name_and_units() (in module wadi.utils)
pubchem_cas_dict() (wadi.mapper.MapperDict class method)
pubchem_cid_dict() (wadi.mapper.MapperDict class method)
Q
query_pubchem_cas() (in module wadi.api_utils)
query_pubchem_fuzzy() (in module wadi.api_utils)
query_pubchem_synonyms() (in module wadi.api_utils)
R
replace_strings() (wadi.utils.StringList method)
S
str() (wadi.unitconverter.UnitRegexMapper method)
StringList (class in wadi.utils)
strip() (wadi.utils.StringList method)
strip_parentheses() (wadi.utils.StringList method)
T
tidy_strings() (wadi.utils.StringList method)
to_file() (wadi.mapper.MapperDict method)
translate_keys() (wadi.mapper.MapperDict method)
translate_strings() (in module wadi.api_utils)
translation_dict() (wadi.mapper.MapperDict class method)
U
UnitConverter (class in wadi.unitconverter)
UnitRegexMapper (class in wadi.unitconverter)
update_items() (wadi.infotable.InfoTable method)
update_log_file() (wadi.base.WadiBaseClass method)
V
valid_kwargs() (in module wadi.utils)
W
wadi
module
wadi.api_utils
module
wadi.base
module
wadi.dataobject
module
wadi.filereader
module
wadi.harmonizer
module
wadi.infotable
module
wadi.mapper
module
wadi.unitconverter
module
wadi.utils
module
WadiBaseClass (class in wadi.base)